水圏生態系の健全性を評価するために，プランクトンの種類と個体数を調査するプランクトンモニタリングが行われている．このモニタリングは，専門家による手動のサンプル観察に依存しており，時間と労力を要する．そのため，プランクトン群集画像から個体の検出と分類を自動で行うシステムの需要が高い．現在までに，モニタリングの自動化を目的として，深層学習を用いたプランクトン個体画像の自動分類手法が提案されている．分類精度は高いが，個体画像の入力を前提としている問題がある．これに対して，本稿では，深層学習を用いて群集画像からプランクトン個体を検出し，分類を行う手法を提案する．提案手法を用いたプランクトンモニタリングシステムにより，群集画像から個体の分類と計数が可能であることを示す．