並列Octaveパッチ

概要

 これはOctave(2.1.36)に並列計算用の関数を追加するパッチです．この並列
 計算はMPIやPVMなどの並列計算ライブラリーは必要としません．Linuxでの
 動作を確認しています．(おそらく他のOSでも動くと思います）．

 最新版は以下のURLで入手できます
 <http://www.higuchi.ecei.tohoku.ac.jp/octave/>


必要な物

 1. octave-2.1.36のソースコード( http://www.octave.org/ で入手可能)
 2. 2台以上のコンピュータ．


このパッチの適用の仕方

 1. Octaveのソースを展開したディレクトリに移動する
    $ cd /path/to/octave-2.1.36

 2. パッチを適用する
    $ gzip -dc octave.2.1.36-parallel_0.6.patch.gz |patch -p0 

 3. makeする
 3. Build Octave 
    $ ./configure
    $ make
    # make install


追加されたコマンドラインオプション

 --server     -s     :     サーバーモードで起動する



使い方
 このパッチは一つのマスターと複数のスレーブコンピュータで使うことを
 想定しています．
 まず，octaveを各スレーブノードで"--server"オプションをつけて実行し
 ます．
 
 $ octave --server
  または
 $ octave -s

 次にマスターノードで"--server"をつけずにoctaveを実行します．

 $ octave -q -f script.m 
  または
 $ octave

 octave:1> スクリプトを実行



コマンドリファレンス

connect (hosts) 
 行列"hosts"で指定したマシン間に双方向のコネクションを生成し，その
 マシンへのソケットの行列を返す．このコマンドを並列計算をはじめる前
 にマスターとなるマシンで実行します．例えば，次のようにマスターとな
 るマシンで実行する．
        connect ([ "host1"; "host2"; "host3" ])
                => [ 0, 0; 5, 3; 6, 4 ]
 ここで，host1, host2, host3はホストの名前です．
 通常はhost1がマスター，host2とhost3がスレーブになります．ソケット
 番号の組み(例えば "5, 3")が各ノードに割り当てられます．スレーブ
 ノードではソケットの行列は"sockets"という名前の変数に格納されます．

send (x, sockets)
 行列"sockets"で指定したマシンに変数xを送信する．
 例,
        send ([ 1+2i, 3; 4, 5+6i ],sockets(2:3,:));

recv (socket)
 列ベクトル"socket"で指定されたマシンから変数を受信する．
 例,
        recv (sockets(1,:))
           => [ 1+2i, 3; 4, 5+6i ]

reval (commands, sockets)
 行列"sockets"で指定されたスレーブホストで"commands"を実行する．
 例,
        reval ([ "a=[ 1:3 ]"; "a=a'*a" ],socket(2,:));

close (sockets)
 行列"sockets"で指定されたsocketを閉じる．
 例,
        close (sockets);



現バージョンでの注意点:
* スレーブコンピュータにマスターのカレントディレクトリと同じPATHが
  存在しなくてはならない．
* スレーブの標準入出力は/dev/nullにリダイレクトされる．


サンプルプログラム:
 次のスクリプトは1から100までの整数の和を計算しています．"host2" と 
"host3"で半分ずつ計算しています．

clear;
hosts = [ "host1"; "host2"; "host3" ];
sockets = connect(hosts);
psum = zeros(1,2);
reval( "send(sum([1:50]),sockets(1,:))", sockets(2,:));
reval( "send(sum([51:100]),sockets(1,:))", sockets(3,:));
psum(1) = recv(sockets(2,:));
psum(2) = recv(sockets(3,:));
sum(psum)
reval("close(sockets)",sockets);
close(sockets);


  次のスクリプトでは，変数 s="Hello, again!" を4ノードで巡回
させています．

clear;
hosts = [ "host1"; "host2"; "host3"; "host4" ]; 
sockets = connect(hosts);
s="Hello, again!";
send(s,sockets(2,:));
reval( "s=recv(sockets(1,:));",sockets(2,:));
reval( "send(s,sockets(3,:));",sockets(2,:));
reval( "s=recv(sockets(2,:));",sockets(3,:));
reval( "send(s,sockets(4,:));",sockets(3,:));
reval( "s=recv(sockets(3,:));",sockets(4,:));
reval( "send(s,sockets(1,:));",sockets(4,:));
s2=recv(sockets(4,:))
reval("close(sockets)",sockets);
close(sockets);


ライセンス:
  このパッチはフリーソフトウェアです; Free Software Foundation 発行の
GNU 一般公有使用許諾書 (GPL) バージョン 2 が規定する条件の下での再配布
および改変を許可します; 当ライセンスについては、バージョン 2、あるいは
それ以降の (任意の)バージョンとします。
 

ご意見等は以下のアドレスへ: 
 octave@higuchi.ecei.tohoku.ac.jp